soit parce que le paquet a été reconstruit car certaines de ces dépendances ont été mises à jour
C'est bien ce que je pensais.

Les dépôts expérimentaux sont souvent les dépôts de développement des paquets, ça bouge en effet tout le temps, c'est l'idée.
Dans ce cas ce serait sympa d'avoir d'autres dépôts destinés uniquement à fournir des logiciels récents pour l'utilisateur, qui ne seraient mis à jour que quand il y a un réel changement, à l'image des backports de debian.

Bon, en attendant je crois avoir trouvé comment mieux gérer ça: j'ai désactivé le rafraichissement automatique de ces dépôts.